Jednostkami strukturalnymi Komitetu Historii Nauki i Techniki PAN są naukowe komisje problemowe. W kadencji 2007 - 2010 zostały powołane następujące:
1. Komisja Historii Nauk Medycznych.
Przewodniczący: brak
Dr hab. Zbigniew Bela, Kierownik Muzeum Historii Farmacji UJ
Prof. dr hab. n. med. Zdzisław Gajda, Collegium Medicum UJ
Dr hab. n. med. Czesław Jeśman, prof. Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Dr hab. Aleksandra Kładna, Pomorska Akademia Medyczna w Szczecinie
Dr hab. Walentyna Korpalska, Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera, Uniwersytet
Mikołaja Kopernika w Toruniu
Dr hab. n. med. Andrzej Litorowicz , Akademia Medyczna w Białymstoku
Prof. dr hab. Zbigniew Machaliński, J. M. Rektor Gdańskiej Wyższej Szkoły Humanistycznej
Dr hab. Anita Magowska, Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu
Dr hab. Roman Meissner, prof. Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkiewicza w Poznaniu
Dr hab. Bożena Płonka-Syroka, prof. Uniwersytet Wrocławski
Prof. dr hab. n. med. Jerzy Supady, Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Prof. dr hab. n. med. Andrzej Śródka, Instytut Historii Nauki PAN
Dr hab. Bożena Urbanek, doc. Instytut Historii Nauki PAN
Prof. dr hab. Marek Wichrowski, Akademia Medyczna w Warszawie
Dr hab. Elżbieta Więckowska, Akademia Medyczna im. Piastów Śląskich we Wrocławiu
Prof. dr hab. Wanda Wojtkiewicz-Rok, Akademia Medyczna im. Piastów Śląskich, Wrocław
Dr Andrzej Wróbel, Akademia Medyczna im. Prof. Feliksa Skubiszewskiego w Lublinie
2. Komisja Historii Nauk Przyrodniczych.
Przewodniczący: Prof. dr hab. Tomasz Majewski, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
Dr Piotr Daszkiewicz , Museum National de l'Histoire Naturelle, Unité Inventaire et Suivi de la Biodiversité. Paryż
Dr hab. Jakub Dolatowski, Uniwersytet Warszawski
Prof. dr hab. Ludwik Frey, Instytut Botaniki PAN, Kraków
Dr hab. Jadwiga Garbowska, doc. Muzeum Ziemi PAN, Warszawa
Dr hab. Wanda Grębecka, doc. Instytut Historii Nauki PAN, Warszawa
Dr Tadeusz Hadaś, Instytut Tarnogórski i Muzeum, Tarnowskie Góry
Dr Krzysztof Jakubowski, Muzeum Ziemi PAN, Warszawa
Dr hab. Piotr Köhler, Instytut Botaniki UJ
Dr Magdalena Mularczyk, Ogród Botaniczny Uniwersytetu Wrocławskiego
Prof. dr hab. Jerzy Pawłowski, Muzeum Przyrodnicze ISEZ PAN, Kraków
Prof. dr hab. Krzysztof Rostański, Uniwersytet Śląski, Katowice
Dr Anna Trojanowska, Instytut Historii Nauki PAN, Warszawa
Dr Beata Wysokińska, Wyższa Szkoła Informatyki i Zarządzania, Rzeszów
Prof. dr hab. Alicja Zemanek, Ogród Botaniczny UJ, Kraków
3. Komisja Historii Nauk Społecznych.
Przewodnicząca: prof. dr hab. Irena Kadulska,Uniwersytet Gdański
Dr Piotr Kąkol, Uniwersytet Gdański
Mgr Anna Reglińska-Jemioł, Uniwersytet Gdański
Dr hab. Kazimierz Puchowski, Uniwersytet Gdański
Dr Anna Ryłko-Kurpiewska, Uniwersytet Gdański
Dr Magdalena Sacha, Uniwersytet Gdański
Prof. dr hab. Marek Adamiec, Uniwersytet Gdański
Prof. dr hab. Józef Arno Włodarski, Uniwersytet Gdański
Mgr Andrzej Tomczyk, Uniwersytet Gdański
4. Komisja Historii Nauk Ścisłych.
Przewodniczący: Prof. dr hab. Wiesław Kamiński, Uniwersytet Marii Skłodowskiej-Curie w Lublinie
Prof. dr hab. Andrzej Bielski, Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu
Prof. dr hab. Roman Duda, Uniwersytet Wrocławski
Prof. dr hab. Roman Mierzecki, Uniwersytet Warszawski
Dr Zofia Pawlikowska-Brożek, Wyższa Szkoła Pedagogiczna w Krakowie
Prof. dr hab. Konrad Rudnicki, Uniwersytet Jagielloński w Krakowie
Dr hab. Jarosław Włodarczyk, Instytut Historii Nauki PAN w Warszawie
5. Komisja Historii Techniki.
Przewodniczący: inż. Jerzy Jasiuk, Warszawa
Prof. dr hab. Antoni Jodłowski, Kraków – Wieliczka
Dr Jerzy Litwin, Gdańsk
Dr hab. Maciej Szymczyk, Duszniki
6. Komisja Badań nad Historią Syberii.
Przewodniczący: Prof. dr hab. Zbigniew Wójcik, Muzeum Ziemi PAN
Prof. dr hab. Stanisław Alexandrowicz, Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu
Prof. dr hab. Kalina Bartnicka, Instytut Historii Nauki PAN
Prof. dr hab. Maria Magdalena Blombergowa, Uniwersytet Łódzki
Dr Anna Brus, Instytut Historii PAN
Prof. dr hab. Wiesław Caban, Akademia Świętokrzyska
Dr Mariusz Chrostek, Uniwersytet Rzeszowski
Dr hab. Barbara Jędrychowska, Uniwersytet Wrocławski
Dr Katarzyna Kość, Instytut Archeologii i Etnologii PAN
Dr Hanna Krajewska, Archiwum PAN
Dr hab. Antoni Kuczyński, prof. Uniwersytet Wrocławski
Dr hab. Edward Malak, doc. Instytut Historii Nauki PAN
Dr Anna Milewska-Młynik, Muzeum Niepodległości
Prof. dr hab. Eugeniusz Niebelski, Katolicki Uniwersytet Lubelski
Dr hab. Joanna Schiller, doc. Instytut Historii Nauki PAN
Dr Zofia Strzyżewska, Muzeum Niepodległości
Prof. dr hab. Jerzy Supady, Uniwersytet Medyczny w Łodzi
Mgr Lucyna Szaniawska, Dział Kartografii Biblioteki Narodowej
Prof. dr hab. Wiktoria Śliwowska, Instytut Historii PAN
Dr Jan Trynkowski, Uniwersytet Białostocki
Dr Dorota Zamojska, Instytut Historii Nauki PAN
Prof. dr hab. Leszek Zasztowt, Instytut Historii Nauki PAN
Imam Mahmud Taha Żuk, Instytut Muzułmański